Es steht wenig in den Geschichtsbüchern über den St. Johannschwibbogen oder das innere Kreuztor, wie sein älterer Name lautet. Die einzelnen Erwähnungen ermangeln der Ausführlichkeit. Das Tor ist jedenfalls um das Jahr 1200 (wie alle Stadttore des inneren Mauerrings) in einer uns unbekannten Form erbaut worden. Durch seine Pforte mündete die Kreuzgasse in die unendliche elsässische Ebene. Weiter draussen, beim St. Johanntor, widmeten sich Johanniter selbstlos der Krankenpflege. Im Jahr 1233 erlaubte Bischof Heinrich von Thun den Dominikanern vor dem Torbogen eine Niederlassung zu errichten (Predigerkloster), "weil er ihr gottselig und heilig Fürnehmen, auch ihren Dienst notwendig erachtete, damit sie bei uns zu Basel wohnen und bleiben mit Predigen, Beichthören und ratsamen Zusprechen den Gläubigen ihr Nutz gegen Gott beförderen". Zwischen diesen beiden klösterlichen Filialen siedelten sich (an der St. Johannsvorstadt 33) wenige Jahrzehnte später ein weiterer Konvent an: die St. Antonierherren, die ihre Fürsorge den Pilgern liehen. Den Mönchen folgten weltliche Brüder; Fischer und Schiffer fassten vor dem Tor festen Boden. Alljährlich am Martinstag bewegte sich vom Münsterplatz her ein berittener Zug von hohen und niederen Beamten, begleitet von Stadtknechten und Wachtmeistern, zum Kreuztor, um von dort aus die Grundzinse für ihren Herrn, den Bischof, zu erheben.
War es längere Zeit still um den St. Johannschwibbogen, so erweckten im 18. und 19. Jahrhundert drei Ereignisse allgemeines Interesse. 1747 war es das Anbringen einer Uhr, das die Gemüter der Anwohner in Wallung brachte. Die Gebrüder Harff vom Seidenhof und Salzschreiber J.C. Wieland missbilligten diese löbliche Absicht des Rats, obwohl die Uhr "weder Weckher noch glockenspihll" erhalten sollte, weil die Montage nur "zur freüd und augenlust" geschehe. Trotz diesem Protest wurde die Uhr, "zu sonderbahrem Nutzen und der Nothwendigkeit dienend", angebracht und der Sigrist der Prediger mit deren Wartung beauftragt, wofür ihm eine jährliche Gratifikation von 10 Pfund Geld, 2 Viernzel Korn und 2 Saum Wein zustand.
Anlässlich der Renovation im Jahre 1836 beschloss die Obrigkeit, auf Antrag von Stadtrat Hübscher, das Bemalen der Aussenseite des Turms. Die Arbeit wurde für 20 Louisdor Kunstmaler Ludwig Adam Kelterborn anvertraut, der das Zifferblatt zwischen einen ruhenden Chronos, einen trunkenen Bacchus und und fröhliche Kinder bettete. Ohne triftigen Grund - die Korrektion des Blumenrains und die Anlage des St. Johannrheinwegs schienen nicht über alle Massen eilig zu sein - verfügte der Grosse Rat schliesslich am 7. Oktober 1872 den Abbruch des stadtwärts sonderbarerweise aus der Fluchtlinie der Stadtmauer zurücktretenden St. Johannschwibbogens. Die Ausführung dieses Beschlusses vollzog im Frühling 1873 Bauunternehmer Wilhelm Schmidlin.