Bis zum Bau der St. Elisabethenkirche stand das bescheidene, spätgotische Gotteshaus in der „Vorstadt zu Spitalscheuern“ den Gläubigen ausserhalb des Aeschenschwibbogens zur Einkehr offen und diente gleichzeitig dem angrenzenden Friedhof als Totenkapelle. Der Priester, der das Kirchlein zu versehen hatte, musste täglich eine Messe lesen, mindestens dreimal wöchentlich eine Totenmesse zelebrieren und die Gräber wie die beiden Beinhäuser mit Weihwasser besprengen. Von seinem Bestehen zeugt 1301 ein Streit im Baukollegium (den Fünferherren) wegen der Mauer zwischen dem Kloster an den Steinen und dem Kirchhof zu St. Elisabethen. Das Kollegium entschied, dass den Klausnerinnen Kunigunt und Gerdrut das Wohnrecht in ihrem Häuschen bis zu deren Ableben zustehe. Der in diesem verurkundeten Schiedsspruch erwähnte Heiligenname bestätigte die frühe Verehrung der heiligen Elisabeth, der Patronin der Bäcker, der Bettler und der Schwestern der Barmherzigkeit, in Basel und weist, wie die 14 Jahre später erfolgte Stiftung einer Pfründe für einen Geistlichen, auf eine der hl. Elisabeth geweihte Kapelle hin. Der Donator dieser Lebensrente, Johannes von Colmar, Priester am Altar Johannes des Täufers im Münster, erwartete vom Inhaber der Pfründe, dass er täglich eine Messe lese, mindestens einmal wöchentlich eine Totenmesse zelebriere und die Gräber, wie die beiden Beinhäuser, welche die ausgegrabenen Knochen verwahren, mit Weihwasser besprenge. Die Kapelle erhielt 1464 einen St. Jörgenaltar, und kurz danach erschien ein Marienaltar.
1515 wurden auf letztwillige Verfügung des vermögenden Hieronymus Bär Kirche und Bruderhaus abgerissen und neu erbaut, wobei St. Elisabethen zur Pfarrkirche aufstieg. Um die Mitte des 17. Jahrhunderts musste das Gotteshaus, da „der Platz zimlich gering und die Stüel unbequem und zu Zanck und Streitigkeiten Anlass geben, sonderlich dem Weibervolck“, mit neuem Gestühl und neuer Kanzel versehen werden; auch erhielt es 1782 eine neue Orgel. Die vermehrt auch als Garnisonskirche für die Blömleinkaserne benützte St. Elisabethenkirche vermochte bald die stetig anwachsende Zahl von Gottesdienstbesuchern kaum mehr aufzunehmen. Auch störte sie in ihrer „dunklen, unschönen, baufälligen Gestalt“ empfindlich das wieder aufgefrischte Stadtbild, besonders um das neu entstehende Kulturzentrum. Und es war Christoph Merian, der seinen staunenden Mitbürgern eine neue, würdige Kirche versprach. „Das Bauprogramm schrieb für die zu erbauende Kirche – die erste neue Kirche in Basel seit der 1416 erfolgten Weihe der Kartäuserkirche – die Bauformen der verschiedenen mittelalterlichen Bauformen vor. Verschiedene Pläne wurden vorgelegt, von denen elf die Kirche in gotischem, fünf in romanischem Stil ausführen wollten. Zur Ausführung billigte Merian den Plan des bekannten Kirchengestalters Ferdinand Stadler aus Zürich, mit der Leitung des Baus wurde Architekt Christoph Riggenbach betraut. Einiges ist am ursprünglichen Plan geändert worden, nicht unbedingt alles zu dessen Vorteil. Trotzdem ist ein Ganzes entstanden, das der Baukunst zur Ehre und der Stadt zur Zierde reichte und allgemeine Anerkennung findet.“
Nachdem 1857 der Grundstein zur neogotischen St. Elisabethenkirche gelegt worden war, erfolgte unter herzlicher Anteilnahme der Bevölkerung am 1. Juni 1864 die feierliche Einsegnung. „Leider sollten sowohl der Stifter als der Architekt die Vollendung des Baus nicht mehr erleben, indem Christoph Merian schon am 22. August 1858, Christoph Riggenbach am 11. Juni 1863 das Zeitliche segneten.“
Das sakrale Bauwerk aus grauem Sandstein "verkörpert eine dreischiffige Hallenkirche mit polygonalem Chor, Emporen in den Seitenschiffen und einem 70,5 Meter hohen Frontturm mit durchbrochenem Helm an der östlichen Giebelseite. Vielgliedrige schlanke Bündelpfeiler tragen das Kreuzrippengewölbe und betonen die innere Geschlossenheit der imposanten Kirche, deren Krypta zur Gruft für den edler Stifter und seine ebenso philantropisch gesinnte Ehefrau ausgestattet ist.“