Schon vor der Errichtung der äusseren Stadtmauer und folglich des Aeschentors im 14. Jahrhundert zog sich die alte Heerstrasse an der wichtigen Nord-Süd-Verbindung ausserhalb der Stadt durch eine dicht bewaldete Gegend nach St. Jakob. Der im Grundriss quadratische Turm mit einem Zeltdach entbehrte jeglichen bildhauerischen Schmucks, war aber mit ein paar Malereien verziert, die durch Meister Lawelin 1429 angefertigt wurden. Sein Barrierenhof war mit zwei Türmchen verstärkt. Trotz des bescheidenen Äusseren war das Aeschentor das bedeutendste Basler Eingangstor vom Jura her und auch dasjenige mit dem grössten historischen Stellenwert. So versuchten beispielsweise am 26. August 1444 die Basler, angeführt von Bürgermeister Hans Rot, durch das Tor den durch die Armagnaken schwer bedrängten Eidgenossen in St. Jakob Hilfe zu bringen. Auf den 1. Januar 1466 plante Graf Oswald von Thierstein mit 200 Mann das Aeschentor zu stürmen, doch wurde sein Plan vereitelt, weil die Angreifenden rechtzeitig entdeckt wurden. Am 3. August 1833, jenem schicksalhaften Tag der Dreissigerwirren, zogen sich die geschlagenen Basler Milizen und die Standeskompanie durch das Aeschentor hinter die schützenden Mauern der Stadt zurück, nachdem sie den blutigen Kampf bei der Hülftenschanze gegen 100 Baselbieter verloren hatten.
Bis ins Jahr 1801 konnte das Aeschentor, das neben dem Spalentor einzige Stadttor, das in Kriegszeiten offen gehalten wurde, sein ursprüngliches Gesicht behalten. Dann fanden der Bärenwirt und der Sternenwirt in der Vorstadt, die "zwey kleinen Thürnlein" im Barrierenhof, "deren daseyn nichts nützet" seien zu entfernen, da die Weinwagen wegen der schlechten Durchfahrt den Umweg durch die Malzgasse nehmen mussten. Die erwähnten Dreissigerwirren zeigten deutlich, dass der Abriss des Vorwerks schliesslich doch viel zu früh geschehen war; daher wurde dem Stadttor extra ein Offiziersstübchen angebaut. 1813 sollte die hölzerne Fallbrücke über den Stadtgraben repariert werden, aus nachhaltigen finanziellen Gründen beschloss der Rat jedoch, davon abzusehen und stattdessen den Graben aufzufüllen. 1841 wurde die am soeben abgebrochenen Aeschenschwibbogen entfernte Turmuhr am Aeschentor angebracht. Damit der Turm eine "reine Form" erhielt, ersetzte man das "monstruose" Dach durch eine Zinnenkanzel mit künstlerisch wirksamem Fries. Für diesen Umbau war Melchior Berri zuständig, und die Kosten beliefen sich auf rund Fr. 3500,-. Der berühmte Baukünstler musste es sich gefallen lassen, dass ihn das Baukollegium (das damalige Baudepartement) aufforderte, die Arbeiten zu beschleunigen. Berri entschuldigte sich, das Wetter während der Monate Februar und März 1842 habe sich durch ungewöhnlich strenge Kälte und starke Regenfälle und Stürme ausgezeichnet, was die Verzögerung erkläre.
Zwar war das Tor nun gediegen renoviert, doch am Fuhrwerksstau änderte sich leider nichts, rollte doch der ganze Verkehr Richtung Baselbiet und Bern durch die Aeschenvorstadt. Auch der Torsperrer klagte über diesen Umstand, da er wegen der ständigen Unruhe nicht von seinem Bett Gebrauch machen könne. Der Bau des Centralbahnhofs jenseits des Elisabethenbollwerks bedingte 1858 das Abbrechen des äusseren Zollhäuschens und den Abriss des Aeschenbollwerks. Für die Erhaltung des Aeschentors hingegen war das Baukollegium energisch bemüht: "Kräftig emporsteigende Türme sind es, welche einer Stadt noch ein individuelles Gepräge verleihen gegenüber der flachen Häusermasse neuer Quartiere oder den hässlichen Kaminen der gewerblichen Einrichtungen!" Trotz dieser - für diese Zeit doch eher ungewohnt einsichtigen und mutigen - Worte forderte der unglaubliche Verkehrsstrom seinen Tribut: das Aeschentor wurde Ende Mai 1861 abgerissen, was gleichzeitig die Entfestigung der Stadt einläutete. Die Turmuhr und die Glocke wurden im Werkhof eingelagert, obwohl sowohl die St. Johannslemer sie für ihr Tor wünschten wie auch die Gemeinde Gempen sie gerne angekauft hätte.