Unter einem Totentanz verstand man im Mittelalter zunächst die Darstellung eines Reigens oder Tanzes von Totengestalten mit lebenden Personen, welche die ständische Gesellschaft repräsentierten. Diese Reigen wurden meistens von Versen begleitet und von Darstellungen des Sündenfalls. Die meisten Totentanzbilder waren monumentale Malereien auf Friedhofsmauern, Kapellen oder Beinhäusern; sie erinnerten den Betrachter als memento mori mahnend daran, dass der Tod jeden, ungeachtet seines Standes, plötzlich aus dem Leben reissen kann. Da der plötzliche Tod, durch Unfall oder Krankheiten wie die Pest hervorgerufen, die richtige Sterbevorbereitung gefährden konnte, erinnerten insbesondere die Predigerorden im späten Mittelalter daran, stets ein gottgefälliges Leben zu führen und Busse zu tun. In diesem Zusammenhang ist auch die Entstehung des Basler Totentanzes von 1440 zu sehen:
1314 raffte die Pest 14'000 Basler dahin, 1349 erliegen noch einmal so viele Bürger der schrecklichen Krankheit "mit der Eiterbäule unter den Achseln". Zwischen dem Aeschentor und dem Rheintor überleben ganze drei Ehepaare den furchtbaren Seucheneinbruch. Während der Zeit des Basler Konzils 1439 hielt der Schwarze Tod nochmals grausamen Einzug. "Wie beim ersten Herbstfrost in den Wäldern die Blätter fallen, so sinken in unserer Stadt gegen 8'000 Menschen nach kaum 10-stündiger Agonie in überfüllte Leichengruben". Die unablässige, quälende Konfrontation mit dem Tod findet in diesen schweren Jahren bewegten Ausdruck in der bildlichen Darstellung des grausigen Reigens zwischen Gevatter Tod und Menschen jeden Alters und Standes: "Alle Menschen müssen sterben, ohne Unterschied, vom Kaiser bis zum Bettler."
Das Totentanzbild stand im öffentlich zugänglichen, mit vielen Linden besetzten Kirchhof der Prediger; es wurde mit Temperafarben auf den Verputz eines etwa sechzig Meter breiten und zwei Meter hohen Mauerstreifens auf der Innenseite der Friedhofsmauer des Dominikanerklosters gemalt. Es war durch ein Vordach und ein metallenes Gitter vor Verunreinigungen durch Mensch und Wetter geschützt. Die Malerei ist weder datiert noch signiert, was im 15. Jahrhundert, in dem sich der Künstler noch als Handwerker versteht und anonym hinter sein Werk zurücktritt, nicht ungewöhnlich ist. Die Künstlerfrage konnte bis heute nicht geklärt werden, der unbekannte Maler mit hohem künstlerischem Rang ist aber im Umkreis des Konrad Witz zu suchen. Auch Anlass und Stiftung des Werks bleiben bis heute im Dunkeln. Da zwischen 1431-1448 in Basel ein Konzil stattfand, wurden in der Forschung Konzilteilnehmer als mögliche Stifter genannt. Dies kann jedoch angezweifelt werden, da es ab 1437 zu einem Bruch zwischen dem Konzil und den Dominikanern kam.
Das Historische Museum Basel besitzt eine Aquarellkopie des Basler Totentanzes von Johann-Rudolf Feyerabend aus dem Jahr 1806. Aus ihr lässt sich der Aufbau der Darstellung erschliessen. "Der Reigen wird durch die Szene eines Dominikaners, der je drei Standesvertretern von der Kanzel herab predigt, angeführt. Kardinal, Bischof und Papst repräsentieren die geistliche Welt, gefolgt von Kaiser, König und Königin als Vertreter von Obrigkeit und Adel. Unter den drei Vertretern des Bürgerstandes ist der Bauer als hinterste Person deutlich erkennbar. Danach sind zwei Totengerippe dargestellt, die mit Pfeife, Trommel und Längstrompete vor einem Beinhaus zum Tanz aufspielen. Daran schliessen die 39 Tanzpaare an, welche jeweils aus einem halb verwesten Skelett und einem typisierten Vertreter der drei Stände bestehen und von rechts nach links auf das Beinhaus zulaufen. An der Spitze des eigentlichen Reigens wird der Papst als geistlich-kirchliches Oberhaupt vom Leben abberufen. Ihm folgt die geistlich-weltliche Obrigkeit mit Kaiser, Kaiserin, König, Königin, Kardinal und Bischof. Die typischen Stände- und Berufsvertreter einer mittelalterlichen Stadt sind durch Herzog, Herzogin, Graf, Abt, Ritter, Jurist, Ratsherr, Chorherr, Arzt, Edelmann, Edelfrau, Kaufmann und Äbtissin repräsentiert. Dann wird die Hierarchie durchbrochen, es werden neben angesehenen Berufsvertretern wie dem Schultheiss auch Randständige wie der Krüppel wiedergegeben. Am Ende des Reigens tanzen Jude, Heide, Heidin, Koch und Bauer als niedrigste Vertreter der mittelalterlichen Stadt mit dem Tod. Abschliessend folgt neben dem Sündenfall die Selbstdarstellung des ersten Restaurators Hans Hug Kluber mit seiner Familie von 1568."
Bereits 1568 hatte der Basler Rat jenem Hans Hug Kluber den Auftrag erteilt, die Malerei in ihrer Gesamtheit wieder instand zu stellen. Durch ihn wurde der Totentanz wohl am stärksten verändert, denn er betrachtete ihn nicht als historisches Dokument, sondern veränderte ihn im Sinne von Renaissance und Reformation und verwischte damit den ursprünglichen Stil. Im Einzelnen wechselte Kluber einige katholische Würdenträger durch weltliche oder reformatorische Standesvertreter aus. Er kleidete die Figuren nach der damaligen Mode und belebte die Skelette. Grösste Veränderungen nahm der Restaurator jedoch am Ende des Reigens vor. Er fügte den Sündenfall und die abschliessende Darstellung von sich und seiner Familie hinzu. Der Restaurator stellt sich hier in einer farbenfrohen, spanisch-niederländischen Tracht dar, umgeben von zwei Skeletten.
Matthäus Merian zeichnete den Totentanz 1616 direkt nach dem Original und übertrug ihn anschliessend auf Kupferplatten. Johann Jakob Merian gab die Stiche erstmals 1621 zusammen mit den Versen in Buchform heraus. Dadurch wurde die Malerei zu einer Sehenswürdigkeit der Stadt und trat auch in Reiseberichten auf. Die letzte bezeugte Erneuerung erfolgte 1703. Zu diesem Zeitpunkt befand sich der Totentanz bereits in einem sehr schlechten Zustand. Es wurde berichtet, dass die Mauer an einigen Stellen abbröckeln würde und ausgebessert werden müsse. Die Figuren selber sollten nur aufgefrischt werden. Den Auftrag erhielten die Brüder Benedikt und Hans Georg Becker. Späteren Reiseberichten zu Folge arbeiteten die Brüder jedoch so schlecht, dass sogar von einer ‹abscheulichen Verhunzung› des Gemäldes die Rede war. Im 18. Jahrhundert wurde wohl auch schon mit dem Niedergang des Tanzes gerechnet, denn das Basler Bauamt beauftragte 1770 den Topographen Emanuel Büchel mit einer Kopie, die dieser 1773 beendete.
Im 18. Jahrhundert ging sowohl das Interesse für den Totentanz als auch für den Friedhof definitiv verloren. In der Mitte des Jahrhunderts wäre eigentlich wieder eine Restaurierung fällig gewesen, doch davon wurde abgesehen. Den Zustand des Totentanzes betreffend, wurden unterschiedliche zeitgenössische Meinungen geäussert. Zum einen war im Bezug auf die Malerei die Rede von einem ‹Schandfleck› und von ‹plumper Farbmasse›. Zum anderen wurde vermerkt, dass vor allem das Vordach und die Mauer stark beschädigt seien. Gesichert ist, dass die Friedhofsanlage zunehmend zweckentfremdet wurde. Beerdigungen fanden hier kaum noch statt. Auf dem Gelände wurden unter anderem Salzfässer gelagert, und ballspielende Kinder bedienten sich der Totentanzpaare als Zielscheibe. Am 26. Oktober 1804 forderten die Anwohner in einer Bittschrift schliesslich den Abbruch der Mauer und die Umwandlung des Friedhofs in einen Park. Davon erhofften sie sich unter anderem mehr Sonnenlicht fürs Quartier. Die Obrigkeit zweifelte erst wegen der Berühmtheit des Kunstdenkmals, stimmte dem Gesuch nicht zuletzt aus finanziellen Gründen zu. Es war billiger, die Mauer abzureissen, anstatt das Fresko immer wieder aufwendig restaurieren zu lassen. Ungeduldige Anwohner schritten zur Selbsthilfe, bevor die Abbrucharbeiten in Angriff genommen worden waren. Einige von ihnen stürzten das Dach ein, worauf gegen 200 Männer und Frauen sich hastig des einstürzenden Gebälks bemächtigten und es nach Hause trugen. So wurde die ehemalige Sehenswürdigkeit der Stadt am 5. und 6. August 1805 abgerissen und grösstenteils zerstört.
An Stelle des "Kinderschrecks" und der "Leutescheuche" wird eine Promenade angelegt, doch dauerte es nicht lange, bis die Zerstörung des früher von aller Welt bewunderten Totentanzes als "ein ewiger Schandfleck für unsere Schweiz" betrauert wird. Nur der kleine baumbestandene Platz erinnert seitdem an den ehemaligen Predigerkirchhof mit dem berühmten Meisterwerk.